A 1ª prisão, de caráter mais sólido que as acanhadas e precárias unidades espalhadas pelo interior da antiga província de São Paulo, foi construída entre 1784 e 1788. Era conhecida, simplesmente, como "Cadeia" e localizava-se no Largo de São Gonçalo, hoje Praça João Mendes.

No casarão assobradado, onde estava instalada a Cadeia, funcionava, também, a Câmara Municipal da Província de São Paulo. Assim, na parte inferior, ficavam as celas destinadas ao recolhimento de criminosos que aguardavam a execução de suas penas e, na parte superior, as salas e o plenário do legislativo paulista.

Não havendo penas privativas de liberdade à época, a Cadeia servia de local de espera do prisioneiro até que sua condenação fosse proferida pelo judiciário e a execução de sua pena fosse agendada. O açoite, a multa, o degredo, eram penas comuns aplicadas a pessoas livres e escravos.

Com o surgimento do Código Criminal de 1830, que estabeleceu a pena privativa de liberdade, foram utilizadas pequenas cadeias pelo interior e, em 1852, instalada a "Casa de Correção", situada na Avenida Tiradentes, em frente ao Quartel Tobias Aguiar, na capital da província.

A Casa de Correção foi construída para abrigar presos em celas individuais e tinha infra-estrutura condizente para o trabalho penal, com oficinas diversas, que ocupavam o dia-a-dia dos encarcerados na manufatura de vassouras, costura de uniformes e confecção de sapatos.

Todavia, com o crescimento desordenado dos grandes centros, incluindo-se, aqui, especialmente a cidade de São Paulo, cresceu, também, a criminalidade, com novas formas de delinqüência, gerando novos tipos de punição legal.

Exigia-se uma prisão de grande porte.

Em 1904 foi realizado um certame público, no qual concorreram os mais afamados engenheiros da capital e de outras localidades do país, para planejar a estrutura de uma penitenciária que comportasse a população condenada da época. Seu vencedor foi Samuel das Neves, prestigiado profissional filiado ao escritório do, não menos famoso, Ramos de Azevedo, conhecido pela construção do Teatro Municipal de São Paulo.

Ramos de Azevedo, ao final, levou as glórias do projeto, em razão de uma simples adequação de linhas ao original.

A obra, iniciada em 1911, que se concretizou na Penitenciária do Estado, foi prevista para abrigar 1200 presos e seu funcionamento data de 1920. Considerada das mais avançadas em termos de segurança e recursos para o aproveitamento do trabalho penal, era dotada de celas individuais, oficinas de trabalho e artesanato, vasto parque agrícola e jardins, tendo entorno um pedaço considerável de Mata Atlântica, preservada pelo governo agora estadual, tendo sido considerada, nacional e internacionalmente, prisão modelar.

Por várias décadas a Penitenciária do Estado foi o principal estabelecimento para cumprimento das penas privativas de liberdade, não só em São Paulo, como também, no país.

Outros institutos foram criados conforme o caráter da pena de prisão. Entre os quais a Colônia Correcional, em 1907, para condenados por vadiagem; o Manicômio Judiciário, em 1927 e o Presídio de Mulheres, em 1941. No entanto, não funcionavam de modo articulado. Daí a criação do Departamento dos Presídios do Estado, remodelado para Departamento dos Institutos Penais do Estado - DIPE, em 1959, contando, ainda com os Institutos Penais Agrícolas de Bauru, de Itapetininga e de São José do Rio Preto; a Casa de Custódia e Tratamento Psiquiátrico de Taubaté; o Instituto de Reeducação de Tremembé e, em 1960, com a Penitenciária de Presidente Venceslau.

Seguem-se a estas, as unidades em Avaré, Araraquara, São Vicente, Pirajuí e Sorocaba, gerando a transformação do DIPE em COESPE, em 1979

Algumas mudanças foram feitas, também, na área administrativa e técnica da organização penitenciária. O Instituto de Biotipologia Criminal - BIO, criado, nos anos 40, para a classificação criminológica dos condenados às penas de prisão, nos moldes da teoria criminológica lombrosiana, substituído, em 1984, pelo Centro de Observação Criminológica - COC, cuja finalidade era dar sustento técnico ao processo individualizador no cumprimento das penas privativas de liberdade, apoiado nos exames criminológicos, sob critério de profissionais habilitados nos campos da psiquiatria, da psicologia, do serviço social e do direito.

Unidades de planejamento e controle, com funções técnico-normativas e de seleção e treinamento de pessoal surgiram como recursos organizacionais para acompanhar a política penitenciária federal e estadual, e dando duporte especializado para uma administração de recursos humanos mais eficaz.

Embora a COESPE tenha trazido inovações na padronização técnico-burocrática das unidades prisionais e outras responsáveis pela implantação de programas individualizadores de pena, o aumento da criminalidade e conseqüente prisão dos infratores fez expandir o sistema penitenciário paulista, ainda mais.

Foi criada a Secretaria da Administração Penitenciária, hoje com 137 estabelecimentos, para suprir a demanda sempre crescente. O número de sentenciados passa, hoje, dos 130 mil.

Para administrar o sistema nos moldes atuais a Pasta da Administração Penitenciária conta com 5 Coordenadorias Regionais e uma Coordenadoria de Saúde, além de um órgão responsável pelo aprimoramento, treinamento, formação e capacitação de servidores, como é o caso da Escola de Administração Penitenciária, que procura dar ênfase às linhas humanitárias de intervenção penal e o respeito aos direitos do cidadão, na condução da tutela do prisioneiro.

Embora a prisão seja um mal em si mesma, ela existe e deverá perdurar, ainda, como forma de punição, até ser substituída por alternativa outra, a ser idealizada e que seja mais eficaz como sanção penal e, ao mesmo tempo, como veículo de reintegração social dos condenados pela justiça comum.