Em 1968 dois funcionários da Penitenciária do Estado organizaram um museu, no intuito de serem preservadas obras, documentos e objetos de valor histórico do sistema penitenciário de São Paulo

Infelizmente. essa iniciativa não prosperou e o pouco que já havia sido arquivado foi distribuído entre as unidades prisionais, para servir de decoração e os documentos, empilhados em uma dependência daquela Penitenciária, sem os cuidados necessários para sua preservação. Assim, o primeiro investimento foi frustrado, praticamente, na sua origem.

Quadros pintados em aquarela, a óleo e crayon, bem como entalhes em madeira, móveis de escritório, livros de registros e prontuários criminológicos e penitenciários, além de um sem número de fotos e negativos em vidro, máquinas fotográficas e instrumentos de medição física de condenados constituíam o curioso acervo esquecido e espalhado pelas unidades do antigo Departamento dos Institutos Penais do Estado - DIPE.

Algumas tentativas de recuperar e organizar o acervo penitenciário não tiveram grande êxito. Somavam-se a esse conjunto objetos confeccionados por presos de várias unidades, para empreender fuga, ou matar companheiros de cárcere, e fabricar bebida alcoólica. Todavia, o esforço de servidores interessados em agrupar esse vasto material, valeu, ao menos, para guardá-lo em uma sala do prédio ocupado, hoje, pela sede da Secretaria da Administração Penitenciária, cujo advento fez criar, entre seus órgãos integrantes, o Museu Penitenciário Paulista, vinculado, oficialmente, à Escola de Administração Penitenciária.

Com a regulamentação do Museu e o apoio da atual gestão, foi criado um grupo de trabalho encarregado de resgatar o que de importante e valioso poderia conter o acervo desse órgão.

Quadros pintados nas décadas de 20 e 30, tais como a "Via Crucis", "A velha e a criança", "O negro velho", "Crianças no sítio", bem como os trabalhos científicos, com o registro de tatuagens e histórico de sentenciados, do Doutor Moraes Mello, médico da Penitenciária do Estado, foram recuperados a partir dos anos 80 e armazenados, precariamente, na Escola de Administração Penitenciária.

Outras curiosidades do acervo conferem com o livro de registro de visitas à Penitenciária do Estado e respectivas fotos (5000 - cinco mil, ao todo) valendo citar cônsules de vários países da Europa, da Ásia, professores de medicina, juristas, senhoras da sociedade paulista e de outros estados da nação, cujos pareceres louvam a organização prisional de São Paulo, citando-a como modelar.

Atualmente, o Museu Penitenciário tem sua sede no prédio da Escola de Administração Penitenciária, no município de Araraquara, e tem por responsável seu Diretor Esmael Martins da Silva, que tem trabalhado no restauro de pinturas e se dedicado a atender pessoas interessadas em conhecer um pouco da história prisional, através dessas peças sob sua guarda.